Kokoomusnuorten liittohallitus on liiton ylin päättävin elin liittokokousten välillä. Liittohallitus kokoontuu säännöllisesti. Se valmistelee liiton poliittiset kannanotot ja lausunnot. Liittohallitus on myös liittokokouksessa hyväksytyn vuosittaisen toimintasuunnitelman käytännön toimeenpanija.